El SE fue concebido para su uso en circuito y fue profundamente modificado, mucho más allá de lo que su apariencia sugería. El motor 5.7 había sido mejorado pasando de los 492 CV de serie a 525 CV, fruto del trabajo en la inyección y el sistema de escape; además, el peso se había reducido en 125 kilos, utilizando paneles de fibra de carbono y ventanillas laterales sintéticas.

Las características distintivas incluían un alerón con sección trasera ajustable, llantas de aleación de magnesio, frenos de disco más grandes, un volante más pequeño y diferentes asientos.

De los 150 ejemplares fabricados, 15 estaban equipados con un kit específico que los hacía aptos para su uso en carreras, aunque ninguno de ellos, conocido como 'Jota' (una referencia al Anexo J del reglamento de la FIA que Lamborghini también utilizó en otras ocasiones), acabó corriendo.

Y debido a las modificaciones sufridas, que incluyen escapes sin catalizadores, ni siquiera fueron homologados para su uso en carretera.