El francés y Alonso se reencontraron fuera de la F1 en las 500 Millas de Indianápolis 2017. El español fue elegido 'Novato del año' de la Indy500 y Bourdais criticó esa elección. Además de en IndyCar, Bourdais también tiene experiencia en Le Mans. Debutó allí en 2010 y en 2011, con Peugeot, acabó segundo en la general junto a Simon Pagenaud y Pedro Lamy.

Tras varios años de ausencia, en 2016 disputó la prueba con Ford Chip Ganassi Racing y, junto a sus dos compañeros, logró la victoria en la categoría LMGT Pro con el 18º puesto en la general (en la foto celebra el triunfo sobre el podio con el director ejecutivo de Ford Motor, Bill Ford Jr.