Tras esa temporada 2003 como compañero de Alonso y Trulli, McNish volvió a los coches deportivos. Corrió en Le Mans y fue 5º. En 2005 logró ser 3º y en 2006, pese a ganar el campeonato ALMS, tampoco pudo pasar de la 3ª plaza en La Sarthe. El éxito se le escapó en 2007, pero finalmente en 2008 acabaría imponiéndose con Audi con Tom Kristensen y Rinaldo Capello de compañeros. Sumaría dos terceros puestos en Le Mans (con un total de 5 podios y una victoria en la histórica prueba) en 2009 y 2010, siendo uno de los rivales de Marc Gené.